Filmy mutant, surrealizm, superbohater, telekineza, piękna kobieta, lód

Wydarzenia przedstawione w filmie mają miejsce niedługo po części pierwszej. Tym razem dochodzi do znacznego pogorszenia stosunków między ludźmi i mutantami. Pewna organizacja rządowa dokonuje ataku na szkołę Xaviera. Porywają oni większości uczniów z zamiarem uczynienia z nich broni przeciwko mutantom. Z ataku udaje się jednak uciec kilku członkom X-MEN, którzy łączą swoje siły z „Magneto” i atakują siedzibę organizacji.

Wynalezienie lekarstwa odwracającego proces mutowania prowadzi do odwrócenia biegu historii. Po raz pierwszy mutanty stają przed wyborem: zachować swą unikatowość, co oznacza skazanie się na wieczną izolację i alienację, czy też wyrzec się pozyskanej w wyniku mutacji mocy. Przeciwstawne punkty widzenia przywódców mutantów – Charlesa Xaviera, który naucza tolerancji, i Erika Lehnsherra, który wierzy w przetrwanie najsilniejszych, zostają poddane ostatecznej próbie: dochodzi do wojny, która ma rozstrzygnąć wszelkie spory.

W świecie pełnym strachu przed wrogimi mutantami rodzi się grupa ludzi o nadzwyczajnych, nieprawdopodobnych umiejętnościach. By mogli oni trenować i doskonalić swoje moce bez obaw o własne życie, profesor Xavier tworzy dla nich na terenie własnej posiadłości Szkołę Młodych Talentów. Od tej pory jako grupa X-Men muszą walczyć o swoje prawa z nadzieją, że uda im się uczynić świat bezpieczniejszym, a ludzie i mutanci wreszcie będą mogli żyć razem w zgodzie i harmonii. Jednak podczas gdy X-Men pod wodzą swojego mentora walczą o pokój, są też tacy, którzy starają się wyeliminować ludzką rasę, aby zrobić miejsce dla istot wyższych - mutantów. Od tej pory zacięta walka toczy się już nie tylko między dwoma gatunkami...

Xavier jest potężnym mutantem, ekspertem w dziedzinie telepatii i jednocześnie założycielem szkoły dla mutantów. Tu każdy ma swoje nadzwyczajne zdolności: władza nad ogniem, lodem, zjawiskami atmosferycznymi, materią aż po znikanie i przechodzenie przez ściany. Jeden z przyjaciół Xaviera, „Magneto”, chce zniszczyć całą ludzkość, gdyż – jak uważa – jest ona zagrożeniem dla społeczności mutantów. Xavier jest jednak innego zdania, co doprowadza do wrogości między nimi. Jeden i drugi szykują się do walki, która zadecyduje o losach ludzkości.