Filmy zdrada, superbohater, przemiana, piękna kobieta, nadprzyrodzona moc

Po nagłej eksplozji z Instytutu Xaviera w niewyjaśniony sposób znikają telepaci: Profesor Charles Xavier oraz Jean Grey. Rok później rząd, w celu zapewnienia bezpieczeństwa ludzkości, rozpoczyna walkę z mutantami. W odpowiedzi Wolverine postanawia ponownie zebrać drużynę x-menów, która rozpadła się po zaginięciu Profesora Xaviera.

Wynalezienie lekarstwa odwracającego proces mutowania prowadzi do odwrócenia biegu historii. Po raz pierwszy mutanty stają przed wyborem: zachować swą unikatowość, co oznacza skazanie się na wieczną izolację i alienację, czy też wyrzec się pozyskanej w wyniku mutacji mocy. Przeciwstawne punkty widzenia przywódców mutantów – Charlesa Xaviera, który naucza tolerancji, i Erika Lehnsherra, który wierzy w przetrwanie najsilniejszych, zostają poddane ostatecznej próbie: dochodzi do wojny, która ma rozstrzygnąć wszelkie spory.

Wydarzenia przedstawione w filmie mają miejsce niedługo po części pierwszej. Tym razem dochodzi do znacznego pogorszenia stosunków między ludźmi i mutantami. Pewna organizacja rządowa dokonuje ataku na szkołę Xaviera. Porywają oni większości uczniów z zamiarem uczynienia z nich broni przeciwko mutantom. Z ataku udaje się jednak uciec kilku członkom X-MEN, którzy łączą swoje siły z „Magneto” i atakują siedzibę organizacji.

Korona brytyjska organizuje specjalną grupę mająca na celu powstrzymanie miedzynarodowego terrorysty zwanego Fantom. W skład zespołu wchodzą Allan Quatermain najsłynniejszy myśliwy na swiecie, Kapitan Nemo - genialny wynalazca, Dr Henry Jekyll - zmieniający się pod wpływem wynalezionej przez siebie mikstury w potwora zwanego Hyde, Mina Harker - wampirzyca, Tomek Sawyer - as amerykańskiego wywiadu i Dorian Gray - człowiek, którego może zabić jedynie jego własny obraz. Wykorzystując swoje niezwykłe umiejętności, liga zapobiega kolejnemu atakowi szaleńca, ale jak się szybko okazuje, wśród nich jest zdrajca, który wykradł ich sekrety dla Fantoma.

Xavier jest potężnym mutantem, ekspertem w dziedzinie telepatii i jednocześnie założycielem szkoły dla mutantów. Tu każdy ma swoje nadzwyczajne zdolności: władza nad ogniem, lodem, zjawiskami atmosferycznymi, materią aż po znikanie i przechodzenie przez ściany. Jeden z przyjaciół Xaviera, „Magneto”, chce zniszczyć całą ludzkość, gdyż – jak uważa – jest ona zagrożeniem dla społeczności mutantów. Xavier jest jednak innego zdania, co doprowadza do wrogości między nimi. Jeden i drugi szykują się do walki, która zadecyduje o losach ludzkości.

W świecie pełnym strachu przed wrogimi mutantami rodzi się grupa ludzi o nadzwyczajnych, nieprawdopodobnych umiejętnościach. By mogli oni trenować i doskonalić swoje moce bez obaw o własne życie, profesor Xavier tworzy dla nich na terenie własnej posiadłości Szkołę Młodych Talentów. Od tej pory jako grupa X-Men muszą walczyć o swoje prawa z nadzieją, że uda im się uczynić świat bezpieczniejszym, a ludzie i mutanci wreszcie będą mogli żyć razem w zgodzie i harmonii. Jednak podczas gdy X-Men pod wodzą swojego mentora walczą o pokój, są też tacy, którzy starają się wyeliminować ludzką rasę, aby zrobić miejsce dla istot wyższych - mutantów. Od tej pory zacięta walka toczy się już nie tylko między dwoma gatunkami...