Scooby-Doo, Kudłaty, Velma, Daphne i Fred spotykają się ponownie, by rozwiązać najbardziej przerażającą zagadkę kryminalną w ich karierze. Zabawna drużyna kieruje się do straszliwych mokradeł pewnej wyspy i prowadzi dochodzenie w sprawie ducha pirata Moonscar.
Podwodne trzęsienia ziemi powiększają jeden z rowów oceanicznych i uwalniają żyjące tam gigantyczne jaszczury. Jakiś czas później jeden z nich atakuje wypoczywających na pobliskiej wyspie Malau wczasowiczów. Policja i przebywający tam właśnie biolog Jack Ellway, łapią go i zamykają w klatce. To jednak dopiero początek kłopotów, bo w głębinach czają się znacznie większe osobniki.
Borykająca się z problemem alkoholowym Nora, wraca z mężem i synkiem do rodzinnej posiadłości. Zbiega się to w czasie z odnalezieniem przez jej wuja, zmumifikowanego ciała demonicznej druidki. Kilka godzin po ich przyjeździe mumia ożywa, próbując przejąć duszę Nory.
W trakcie wycieczki za miasto David trafia na zrujnowane domostwo, a w nim zmienioną w zombie kobietę. Ugryziony ucieka, ale wkrótce sam zaczyna się przemieniać. Nie chcąc skrzywdzić ukochanej wynajmuje mieszkanie, gdzie morduje i pożera ludzi. Ludzkie mięso zaspokaja jego głód, ale ciało ulega ciągłej degeneracji.
Film składa się z trzech niepowiązanych ze sobą historii. Bohaterowie wszystkich walczą z atakującymi ziemię kosmitami. W pierwszej reporterka sądząc, że jej chłopak ma romans postanawia go szpiegować. Zamiast kochanki Megan odkrywa, że jest on kosmitą. W drugiej naukowiec Alfred Malone, dowiaduje się o nadchodzącym końcu świata i wkrótce zaczynają go ścigać obcy. W trzeciej Cope Ransom zostaje wysłany na opanowane przez kosmitów tereny, by odszukać i zniszczyć znajdujący się tam statek kosmiczny.
Ta przygodowa komedia śledzi dalsze losy Marnie i jej młodszego rodzeństwa, którzy wracają ze swoją wyobcowaną babcią, dobrą czarownicą (Debbie Reynolds), do jej domu w Miasteczku Halloween, gdzie czarownice, gobliny, wampiry i reszta prowadzi całkiem normalne życie. W dniu swoich trzynastych urodzin Marnie dowiaduje się, że pochodzi z rodziny czarownic i że sama jest czarownicą. Odkrywa również, że złe siły spiskują, aby przejąć władzę w Miasteczku Halloween. Marnie musi pomóc matce i babci go ocalić.
Dwójka amerykańskich żołnierzy zostaje wysłana do arktycznej stacji badawczej, w celu zbadania przyczyny braku kontaktu z nią. Na miejscu okazuje się, że doszło tam do kilku morderstw, a w tunelach głęboko pod lodem znaleziono starożytny krąg, będący bramą do piekieł.
Po stracie żony w wypadku samochodowym, pewien rzeźbiarz tworzy jej wierny wizerunek. Nieoczekiwanie posąg zaczyna nabierać życia, jakby pod spodem ukryta była jego ukochana. Cud ma jednak swoją cenę, gdyż wraz z jego ożywaniem, ciało rzeźbiarza zaczyna przemieniać się w kamień.
Szóstka studentów wprowadza się do opuszczonego szpitala, który wynajęli za niewielką opłatą. W trakcie sprzątanie Clark odnajduje mieszkającego tam chłopaka, który wprowadza ją w tajniki czarnej magii. W tym samym czasie przyjaciół kolejno, atakuje demon z innego wymiaru zwany Shrieker. Wkrótce okazuje się, że pięciu z nich zostało naznaczonych na kolejne ofiary bestii, a jedno z nich kieruje potworem.