Film jest bezpośrednią kontynuacją części pierwszej. Wykonawszy zadanie oddział ośmiu komandosów zbiera się do odlotu. Niestety okazuje się, że szczepionka nie zadziałała, a oni są zarażeni nieznanym wirusem. Trzymając się wojskowych procedur wprowadzają w życie tytułowy Paragraf 78, nakazujący zniszczyć bazę i wyeliminować wszystkich zarażonych. Od tej chwili, nie chcąc zmienić się w bezmyślne stwory, członkowie oddziału zaczynają ze sobą walczyć.
W jednym z miast FBI zaczyna test eksperymentalnego wirusa, który przemienia ludzi w zombie. Oczywiście nie trzeba długo czekać by infekcja wymknęła się spod kontroli i objęła całe miasto. Trzem przyjaciołom Johnemu, Billowi i Maxowi udaje się pozostać żywym, ale by ten stan nie uległ zmianie muszą uciec z miasta pełnego wygłodniałych zombie.
Adrian Dunn ucieka z księżycowego więzienia pozorując śmierć. Zarażony kosmicznym wirusem przenosi go na ludzi z którymi miał kontakt. Gdy o powrocie dawnego partnera dowiaduje się detektyw Cameron Grayson, postanawia dorwać go za wszelką cenę.
Tajemniczy wirus zabił większość ludzi, a garstka ocalałych dzieli się na czystych i mających umrzeć w ciągu kilku lat zarażonych. W nowym świecie najcenniejszym towarem stały się więc zdrowe kobiety, które ścigane są przez łowców nagród. Jeden z nich chce się wycofać, ale przedtem dostaje ostatnie zlecenie. Tym razem jednak jego cel wcale nie jest taki bezbronny, a polowanie zmierza do nieoczekiwanego finału.
W roku 2020 władze odizolowują cześć L.A., czyniąc z tej strefy największe więzienie na świecie. Gdy okazuje się, że przywódca największego z tamtejszy gangów wszedł w posiadanie zabójczego wirusa, do strefy wysłany zostaje były policjant Anthony Ricks. Wraz ze spotkaną przypadkiem Darlą próbują odzyskać wirus, nim spadnie na nich bomba atomowa.
W futurystycznym społeczeństwie dziesiątkowanym przez zarazę, na którą nie ma lekarstwa, rządzący zsyłają zarażonych do specjalnych obozów, gdzie są poddawani kwarantannie. Po nieudanej próbie morderstwa jednego z senatorów, Ivan Joad spotyka programistę komputerowego, który próbuje znaleźć źródło choroby, co nie podoba się władzom.
Z Marsa wraca na Ziemie sonda kosmiczna Viking. Wraz z nią na Ziemie dostaje się bardzo niebezpieczny mikroorganizm, który zabija ludzi rozsadzając im mózgi. Przypadkowo w kontakt z nim wchodzi grupka ludzi, jadąca pociągiem, którym naukowcy przewożą sondę. Teraz by przeżyć nie mogą zasnąć, ale jak długo można wytrzymać bez snu?
W wyniku działania bliżej nieokreślonego wirusa świat pogrąża się w chaosie, a większość ludzi umiera albo przemienia się w bezmyślne mutanty. Garstka ocalałych znajduje schronienie w opuszczonej bazie wojskowej, skąd odgazują wypady do okolicznych wiosek i miasteczek.
Agent FBI Kevin Richter i tajwański policjant Huang Huo-tu pracują nad wyjaśnieniem serii tajemniczych morderstw. Śledztwo doprowadzi ich do najciemniejszych zakamarków miasta i miejsc kultu niemoralności.