Naukowiec obwinia szefa dużej firmy o katastrofę ekologiczną w Ameryce Południowej. Ale kiedy wulkan zaczyna wykazywać oznaki wybuchu, muszą zjednoczyć się w celu uniknięcia katastrofy.
Grupa astronomów odkrywa, że ziemia w niedługim czasie zderzy się z inną planetą. Zostają jednak wyśmiani przez większość światowych władz. W ich rewelacje uwierzył jednak pewien milioner, który postanawia zbudować statek kosmiczny dla garstki wybrańców.
Na jednej z tropikalnych wysepek pojawia się prehistoryczny krokodyl. Olbrzymia bestia jak się szybko okazuje gustuje w ludzkim mięsie, a ofiar ma w okolicy pod dostatkiem. Wkrótce wpada na trop grupy geologów i teksańskiego łowcy krokodyli.
Doktor Shiragami łaczy komórki Godzilli z roślinnymi, tworząc hybrydę, którą nazywa Biollante. Tymczasem Godzilla po raz kolejny wyrusza w swoją niszczycielską podróż, a na jej drodze staje wojsko i najnowocześniejsze wynalazki. Wkrótce Godzilla dociera do miejsca, gdzie rozwija się Biollante, by stoczyć z nią walkę.
Grupka ekologów dowiaduje się, że potężny koncern chemiczny składuje swoje odpady radioaktywne w kraterze czynnego wulkanu na małej wysepce. Nie zastanawiając się długo, postanawiają zebrać dowody i przedstawić je władzom. Gdy kierownicy tej firmy dowiadują się o tym, karzą za wszelką cenę złapać lub zabić intruzów. Dodatkowo na wysepkę przybywa skuszone wzmożoną emisją energii z wulkanu monstrum z kosmosu. Teraz ekolodzy będą musieli patrzeć nie tylko wokół siebie, ale i pod nogi, bo kosmita porusza się pod ziemią.
Grupa archeologów wraz z wynajętymi robotnikami odkopuję w pobliżu Stonehenge szczątki człowieka oraz tajemnicze urządzenie ukryte pod podłożem starożytnego monumentu. Nie zdając sobie sprawy z możliwości nowo odkrytego artefaktu uruchamiają je, a tym samym zapoczątkowują łańcuch wydarzeń który może doprowadzić do końca cywilizacji jaką znamy dziś.
W okolicach góry Fuji odnaleziona zostaje przerażona kobieta, twierdząc, że trafiła do jaskini pełnej gigantycznych jaj. Choć nikt jej nie wierzy to geolog Takashi Ashizawa wyrusza w tamte rejony, by kontynuować poszukiwania rozpoczęte przed laty przez jego ojca. W tym samym czasie w pobliskim jeziorze pojawia się olbrzymi Plezjozaur, który terroryzuje okolicę.