Cutey Honey ratuje życie archeologowi, ściganemu przez żołnierzy Panther Claw, którzy chcą zdobyć poczwarkę prehistorycznego motyla. Następnego dnia potwory Panther Claw atakują ponownie i porywają jej przyjaciółkę. Honey Kisaragi dołącza więc do archeologa by ją odszukać i nie dopuścić do tego by potwory odnalazły ukryty skarb.
Genialny, ale ogarnięty obsesją naukowiec Hank Symes, prowadzi nielegalne eksperymenty biologiczne chcąc uzdrowić świat. Ścigany przez władze, przenosi się do położonego na odludziu domu, gdzie kontynuuje prace. W wyniku wypadku jego ciało mutuje i Hank przemienia się w niezwykłą formę życia, a jego dom staje się żywym ogrodem.
Jeden z amerykańskich okrętów podwodnych trafia w szczelinę czasoprzestrzenną i przenosi się do przyszłości. Kilka lat później odnaleziony zostaje kapitan, ale nikt nie chce uwierzyć w jego historię. By udowodnić prawdę, Alan dołącza do specjalnego zespołu i wraz z nim po raz kolejny przenosi się w czasie, gdzie musi stanąć po stronie rebelii i walczyć z bezwzględnym dyktatorem, jego żołnierzami i armią cyborgów.
Popularna piosenkarka Angelica przeżywa kryzys emocjonalny, który jej ekipa próbuje rozwiązać, wynajmując Psycho Divera. Gdy jeden z nich zawodzi, do akcji wkracza legendarny Busujima. Po wejściu do jej umysłu odkrywa, że dziewczyna skrywa w swoim mózgu potężną energię psychokinetyczną, którą próbuje wykorzystać kapłanka złowrogiego kultu.
Kobieta z planety Epsilon zostaje omyłkowo teleportowana na Ziemię. Trafiwszy na australijską pustynię spotyka biwakującego tam mężczyznę, którego zabiera w różne miejsca by uświadomić mu skalę zniszczenia środowiska i jakie będzie to miało konsekwencje.
Trzy przyjaciółki wybierają się na wakacje do domku w górach. W trakcie pobytu odkrywają ukryty w pobliżu statek kosmiczny, którego załoga rozpoczęła polowanie na ludzi. Przerażone uciekają, ale kilka kilometrów dalej ich samochód wybucha. Przypadkiem udaje im się spotkać Matta, który pomaga im pokonać złych obcych.
By zapewnić byt rodzinie Takurou Yamazaki, zgadza się na przeszczep mózgu w ciało robota. Od tej chwili staje się działającym na zlecenie cyborgiem, którego zatrudnia się by rozwiązywał wszelkie problemy biznesowe. Jego kolejnym zadanie jest pomóc, upadającej firmie telekomunikacyjnej. W trakcie misji poznaje przypadkiem nastoletnią Tomoko, którą jego wrogowie porywają by go zniszczyć.
Z tajnego ośrodka badawczego ucieka eksperymentalny cyborg, za którym wojsko wysyła odział najemników. Wkrótce dociera on do położonego na odludziu domu, gdzie chwilę wcześniej Grace zabiła swojego męża. Losy kobiety i cyborga zostają splecione, gdy dom zostaje otoczony przez bezwzględnych najemników.
Organizacja NERV przestaje być przydatna na co czekają SEELE, których oddziały przypuszczają zmasowany atak. Słabo broniona siedziba szybko wpada w ręce napastników. Misato i reszta ekipy starają się znaleźć Shinjiego i Rei, zanim zostaną zamordowani.
Na Ziemi rozbija się kapsuła, we wnętrzu której znajduje się obcy. Zaciekawieni miejscowi sądząc, że to meteoryt postanawiają sprawdzić miejsce lądowania. Tymczasem potwór uwolniwszy się z kapsuły rozpoczyna polowanie na okolicznych mieszkańców. Kilka godzin później na miejscu pojawia się międzygalaktyczny łowca, mający za zadanie zniszczyć intruza.