W 2036 podczas pracy badawczych na pustyni Nevada archeolodzy odkryli portal na Marsa, prowadzący do starożytnego miasta. Portal nazwano Arką. 20 lat później ciągle zadawano sobie pytanie jaki był cel zbudowania tego portalu i co stało się z cywilizacją, która go zbudowała. W Olduvai, stacji badawczej na Marsie dochodzi do dramatycznych wydarzeń, naukowcy zespołu "Aerospace" prowadzący badania nad ściśle tajnym projektem 6627 zostają zaatakowani przez tajemniczą siłę. Jednemu z członków załogi udaje się przesłać komunikat o naruszeniu bezpieczeństwa, który dociera do kwatery głównej specjalnego oddziału marines w Kalifornii. Zostaje ogłoszona kwarantanna obiektu, a żołnierze mają zadanie odzyskać mienie należące do rządu amerykańskiego, a w razie konieczności dokonać eksterminacji pozostałych przy życiu, ukrytych w zamkniętej strefie na najwyższym poziomie stacji.
W niedalekiej przyszłości ludzkość dotyka tajemnicze zjawisko. Niewyjaśnione mutacje stopniowo przekształcają część populacji w ludzko-zwierzęce hybrydy. Stworzenia są przez wielu uważane za zagrożenie. Aby powstrzymać postęp mutacji i kontrolować skłonność stworzeń do przemocy, wysyła się je do wyspecjalizowanych ośrodków. Kiedy konwój przewożący „innych” do nowego obiektu rozbija się w lesie, a ocalałe stworzenia rozpraszają się w dziczy, paranoja ogarnia lokalną społeczność. François i jego 16-letni syn Emile rozpoczynają desperackie poszukiwania swojej zaginionej żony i matki, Leny, która zniknęła po katastrofie.
Kang-doo razem z ojcem prowadzi mały sklepik na brzegu rzeki Han w Seulu. Oczkiem w głowie Kang-doo jest jego córeczka, dla której zrobiłby wszystko. Ale ich sielanka zostaje przerwana wraz z pojawieniem się potwora, który zaczyna pożerać ludzi. Do zabicia kreatury przydzielone zostaje wojsko i policja. A Kang-doo rozpoczyna własne polowanie.
97 lat po wojnie nuklearnej która zniszczyła cywilizację na Ziemi ląduje statek kosmiczny z setką nieletnich przestępców mających sprawdzić czy na planecie da się przeżyć.
Po pięciu latach pogoni za jakimikolwiek oznakami paranormalnej działalności, Archiwum X zostaje zamknięte przez rząd. Mulder i Scully zajmują się teraz bardziej "przyziemnymi" zadaniami. Jednym z zadań, do którego zostali przydzieleni jest odnalezienie bomby w siedzibie FBI w Dallas. Kiedy wybuch niszczy budynek, Mulder szybko dochodzi do wniosku, że była to robota jego własnego szefa. Pytanie tylko w jakim celu to zrobił?
Skuszony wizją odzyskania Valeri Conan wyrusza na kolejną niebezpieczną przygodę, w której stanie oko w oko z potworami, Toth Amonem i dziesiątkami przeciwników do zabicia.
Cierpiący na rzadką chorobę krwi Michael Morbius przeprowadza eksperyment, dzięki któremu udaje mu się wyzdrowieć. Wkrótce mężczyzna przemienia się w łaknącą krwi bestię.