Akademii Waldstein daleko do miana zwyczajnej szkoły. Uczęszczający do niej uczniowie zgłębiają bowiem nauki związane z okultyzmem. Gdy umiera dyrektor akademii, Jun'ichirou Kumashiro, stanowisko po nim obejmuje jego córka Maya. Problem w tym, że dziewczyna zdaje się nie przepadać za wszystkim, co związane z okultyzmem. W międzyczasie zjawia się Fumiaki Uchida – wysłany z przyszłości agent, który ma zapobiec zniszczeniu Ziemi przez kosmitów.
Seki jest mistrzem zabijania czasu. Siedząc w ostatniej ławce, gdzie wzrok nauczyciela nie sięga, zawsze zajmuje się tym, na co ma ochotę. Jakby tego było mało, jego niecodzienne zabawy rozpraszają siedzącą obok Yokoi.
Kochający gry chłopak, który nie radzi sobie w nauce i sporcie, wreszcie spotyka godnego siebie przeciwnika — to Akira, bogata dziewczyna z jego klasy.
Historia Kagami Taiga, który zapisał się do liceum Seirin, gdzie poznaje Kuroko Tetsuya. Kuroko jest byłym członkiem legendarnej gimnazjalnej drużyny koszykówki zwanej „Pokoleniem Cudów”. Razem postanawiają, że doprowadzą swój zespół do mistrzostwa.