Pewna firma komputerowa chce zrewolucjonizować rynek połączeń, tworząc nowy rodzaj sieci. Do stworzenia tego wirtualnego świata wykorzystują Joba, okaleczonego geniusza komputerowego. Szybko jednak okazuje się, że Jobe ma własne plany, a żeby je zrealizować potrzebny jest mu jedynie kod dostępu, do superprocesora Chiron. Tylko, że zna go jedynie jego twórca i nie zamierza go nikomu zdradzić.
Ostatnie dni 1999 roku w Los Angeles. Całe miasto jest pogrążone w chaosie. Głównym bohaterem filmu, jest były policjant Lenny Nero (Ralph Fiennes), który handluje elektronicznymi zapisami ludzkich przeżyć. Na jednym z clipów Lenny widzi morderstwo.
W sercu Afryki ekspedycja badawcza odkrywa złoża chemiczne czystych diamentów we wnętrzu wulkanu. Wkrótce potem amerykańska baza traci kontakt z badaczami, zaatakowanymi przez jakieś zwierzęta. Śladem tragicznej wyprawy rusza Karen Ross. Przyłącza się ekspedycji Petera Elliota, której celem jest powrót do natury superinteligentnej gorylicy. Towarzyszy im niejaki Homolka - poszukiwacz przygód, sprawiający wrażenie zwykłego oszusta. Afryka nie jest gościnna: nikt - ani ludzie, ani natura - nie czeka na przybyszy. Misję jednak trzeba doprowadzić do końca - zbliża się czas erupcji.
Rok 2015, piętnaście lat po kataklizmie, który ludzkość nazwała drugim uderzeniem. Czternastoletni Shinji Ikari przybywa do Tokio-3 na wezwanie swojego ojca, którego nie widział jakiś czas i do którego ma mieszane uczucia. Okazuje się, że ojciec Shinjiego – Gendō – chce powierzyć mu pilotowanie evangeliona: robota, którego zadaniem jest walka z aniołami – istotami chcącymi zniszczyć ludzkość. Niechętny temu na początku Shinji ostatecznie zgadza się pilotować robota. Pozostaje w Tokio-3 na dłużej, na wypadek ataku kolejnego anioła, zamieszkuje ze swoją nową opiekunką, Misato Katsuragi, idzie do nowej szkoły. Shinji jest jednak outsiderem, nawiązywanie kontaktów z innymi przychodzi mu bardzo trudno, ze wszystkich sytuacji stara się wyjść w ten sam sposób – robiąc to, o co się go prosi. Wkrótce jednak okaże się, że nie można żyć tak przez cały czas – spotka nowych ludzi, stanie przed nowymi zadaniami. „Neon genesis evangelion” oprócz znakomitej rozrywki jest także dziełem głęboko filozoficznym – oprócz tego, co dzieje się na ekranie, widz poznaje także rozterki, radości, smutki, sukcesy i niepowodzenia bohaterów, bardzo mocno zagłębiając się w ich psychikę i osobowość. Jeśli dobrze przeanalizuje się serial, znajdzie się w nim drugie, a może nawet trzecie i czwarte, dno.
Animacja złożona z trzech niepowiązanych ze sobą historii. W pierwszej, „Magnetic Rose”, czterech kosmonautów odbiera sygnał S.O.S. z opuszczonego statku komicznego. Spiesząc na ratunek, zostają wciągnięci w świat stworzony przez wspomnienia jednej kobiety. W „Stink Bomb” młody asystent laboratoryjny przypadkowo przekształca się w ludzką broń biologiczną, która zabija wszystko, co żywe. Ostatnia historia, „Cannon Fodder”, przedstawia dzień z życia miasta, którego jedynym celem jest ostrzał z armat wycelowanych w niewidzialnego wroga.
Załoga stacji orbitującej wokół Marsa odbiera sygnał od dawno zaginionego rosyjskiego statku kosmicznego. Z niewiadomych przyczyn statek mimo zmiany kursu taranuje stacje. Nie mając innego wyjścia, załoga stacji wchodzi na pokład rosyjskiej jednostki. Szybko okazuje się, że statek nie jest opuszczony a to co na nim zostało traktuje ich jako wrogów i próbuje wyeliminować.
Wyobraźcie sobie światy, w których historia potoczyła się inaczej niż w naszym: światem rządzą komuniści, II Wojnę Światową wygrał Adolf Hitler albo to, że na Ziemi wciąż żyją dinozaury itp. Quinn Mallory (Jerry O'Connell) odkrył przejście do takich światów. Jednak, gdy wraz z przyjaciółmi wszedł do takiego świata, w wyniku komplikacji nie wiedział jak wrócić z powrotem do swojego. Od tej pory Quinn i jego towarzysze skaczą po światach równoległych mając nadzieję, że któregoś dnia wrócą do domu.
Rok 2058. Wojna, która przetacza się przez wszechświat, pustoszy kilkanaście systemów słonecznych. Na odległej planecie Syriusz 6B wegetują jeszcze dwa zwalczające się obozy: Nowy Blok Gospodarczy oraz Sprzymierzeni. Nowy Blok Gospodarczy jest potężną korporacją, która na większości planet zamieszkanych przez ludzi sprawuje nadzór nad lwią częścią robót górniczych i geologicznych. Sprzymierzeni są federacją górników i geologów, którzy w wyniku rewolty przejęli kontrolę nad kilkunastoma planetami Nowego Bloku Gospodarczego. Syriusz 6B jest najważniejszą z nich, toteż nic dziwnego, że właśnie tutaj konflikt między NBG i Sprzymierzonymi osiąga punkt kulminacyjny. Syriusz 6B - i tak już niemal doszczętnie zdewastowany przez wszelkie znane rodzaje broni - staje w obliczu zagrożenia o niewyobrażalnym zasięgu i skali...
Los Angeles przyszłości. Policjant Parker Barnes, który pod wpływem szału po śmierci żony i córki sam wymierzył sprawiedliwość bandzie terrorystów, odsiaduje wyrok. Tymczasem w komputerowym laboratorium policji trwają prace nad programem SID, mającym ułatwić przygotowanie do zawodu. Ale pewnego dnia SID - osobnik wirtualny, uwalnia się i zaczyna działać w świecie realnym. Cyborg na którego osobowość złożyło się doświadczenie 200 przestępców, wychodzi na ulice Los Angeles. Czy zwolniony Parker Barmes zdoła go powstrzymać?
W odległej przyszłości ludzie wyruszają do gwiazd by zasiedlić nowe planety. Szybko okazuje się, że nie jesteśmy sami, a obcy są wrogo nastawieni. Rozpoczyna się więc wojna, a w szeregi kosmicznych marines wstępują tysiące młodych ludzi. Wśród nich są członkowie 58 eskadry, których los rzuca w najdalsze zakątki kosmosu, by zmierzyli się z obcymi, androidami i własnymi słabościami.