Randy Cunningham jest przeciętnym licealnym pierwszakiem, dopóki nie zostaje wybrany na Ninję! Teraz musi bronić uciśnionych, ratować innych uczniów i stać się bohaterem dla mieszkańców Norrisville.
W 2014 roku nastolatek Akira Natsume wpada pod samochód i ginie a jego mózg zostaje przeszczepiony w eksperymentalne urządzenie, pozaziemskiego pochodzenia.16 lat później policjantka Minami i jej partnerka android Alma, odzyskują superbroń o nazwie EX-ARM, będącą właśnie mózgiem Akiry. Od tej pory dołącza on do specjalnego zespołu, zajmującego się zwalczaniem ludzi korzystających z EX-ARM'ów.
W przypadku Michaela Wisemana śmierć wcale nie jest końcem. Gdy ginie w tragicznym wypadku, rząd Stanów Zjednoczonych "składa" mu propozycję nie do odrzucenia - umieszcza jego mózg w nowym, genetycznie zaprojektowanym ciele. Doktor Theodore Morris, który prowadzi eksperyment, ma co do niego wielkie plany, ale jedyne czego chce Michael to wrócić do swojej żony i córki. Rząd zabrania Michaelowi jakichkolwiek prób kontaktu, ale czy to wystarczy, by go powstrzymać?
Cały świat Aiko okazał się kłamstwem. Teraz dziewczyna dołącza do zespołu nurków, aby dotrzeć do miejsca, gdzie zaczął się Rozrost, zatrzymać go i ocalić swoją rodzinę.
Nowe pokolenie nastoletnich bohaterów wykorzystuje nadludzkie moce ninja do walki z międzygalaktycznym złoczyńcą o imieniu Galvanax, aby ocalić Ziemię przed zagładą.