Po wielu latach walk Romulanie w końcu proponują pokój Federacji. Do negocjacji wysłany zostaje U.S.S. Enterprise, z dowodzącym nim kapitanem Picardem. Tylko, że w trakcie Romulanie próbują się włamać do komputera pokładowego, a sam Picard zostaje wzięty do niewoli. Okazuje się bowiem, że Romulanami dowodzi Shinzon klon Picarda, który by przeżyć potrzebuje jego DNA.
Khan Noonien Singh przejmuje kontrolę nad jednym ze statków federacji i z jego pomocą atakuje kolonię naukowców zajmujących się projektem Genesis. Mając taką broń Khan zastawia pułapkę na swoich dawnych wrogów z U.S.S. Enterprise.
U.S.S. Enterprise znowu dumnie wzbija się w przestrzeń w nowoczesnej, reżyserskiej wersji filmu Star Trek. Kiedy nieznana, obca siła niszczy kilka kligońskich statków, James T. Kirk powraca na kapitański mostek. Załoga mobilizuje siły, aby powstrzymać niszczycielskie zapędy obcego intruza nieubłaganie zmierzającego w stronę Ziemi.
Grupa naukowców i wojskowych przechodzi przez Gwiezdne Wrota na antyczny statek kosmiczny. Są miliony lat świetlnych od Ziemi, starają się przetrwać i szukają sposobu powrotu do domu, przy okazji badając ogromny, tajemniczy statek.
Młody mężczyzna budzi się ze snu. Nie wie, kim jest ani gdzie jest. Ale jak się szybko okazuje, jest ścigany przez policje i dziwnych ludzi odzianych w czerń. Szukając prawdy w tym zagmatwanym świecie, John Murdoch odkrywa, że posiada niezwykłe zdolności. Czy jednak pomogą mu one dowiedzieć się, kim jest i co zrobił w przeszłości? I czy będzie wystarczająco silny, by zmierzyć się z tajemniczymi Przybyszami?
Rok 2058. Ziemia jest przeludniona, jej zasoby naturalne ulegają dramatycznemu wyczerpaniu. Jedynym ratunkiem dla rodzaju ludzkiego wydaje się być kolonizacja innej planety. Naukowcy budują specjalne wrota, które pozwalają poruszać się szybciej niż światło, jednak tylko wtedy, gdy istnieją drugie takie wrota u celu podróży. Rola „kolumbów”, którzy jako pierwsi mają dotrzeć na odległą planetę Alpha Prime przypada rodzinie Robinsonów. Profesor John Robinson (William Hurt (I)), jego żona Maureen (Mimi Rogers), ich córki Judy (Heather Graham) i Penny (Lacey Chabert) oraz syn Will (Jack Johnson) wyruszają na podbój kosmosu. Za sterami imponującego statku „Jupiter 2” siada odważny i urokliwy „intergalaktyczny Casanova” – major Don West (Matt LeBlanc). Niestety, na pokładzie znajduje się też czarna owca – doktor Smith (Gary Oldman), którego celem jest sabotowanie misji...
Przywódcy planety Spaceball próbują ukraść czyste powietrze z królestwa Druidii, porywając przy tym księżniczkę Vespę. Na jej ratunek rusza kosmiczny włóczęga Lone Starr wraz ze swoim wiernym pomocnikiem Barfem.
Załoga statku badawczego USS Enterprise staje przed jednym z największych wyzwań w historii galaktycznej dyplomacji. Odwieczne prawa ustalone przez Radę nakazują bezwzględny zakaz ingerowania w rozwój innych, zwłaszcza niżej rozwiniętych cywilizacji. Kapitan Jean Luc Picard musi jednak zdecydować, czy pozostawić bez pomocy kilkusetosobową kolonię osadników, żyjących na odległej planecie, czy przerwać procedury zmierzające do zniszczenia planety uznawanej za jedno z najpiękniejszych miejsc we wszechświecie.
Dwaj naukowcy, Ira Kane (Duchovny) i Harry Block (Jones), przybywają na miejsce, gdzie spadł wielki meteoryt. Natychmiast przystępują do badań i wkrótce odkrywają, że we wnętrzu meteorytu przybyły na Ziemię proste, jednokomórkowe formy życia z kosmosu. Wszystko wskazuje na to, że szybko zadomowiły się one na naszej planecie. Nie mija wiele czasu, a na miejscu zdarzeń pojawia się arogancka wysłanniczka rządu Stanów Zjednoczonych Allison Reed (Moore), która za wszelką cenę stara się skompromitować Irę i Harry'ego. Obce formy życia rozwijają się jednak w zastraszającym tempie i nasi bohaterowie uświadamiają sobie, że jeśli chcą ocalić rodzaj ludzki, muszą za sobą współdziałać, bo czeka ich starcie z przybyszami z kosmosu, którzy zdążyli przybrać monstrualne rozmiary.