W przyszłości, a dokładnie w 165 roku Gwiezdnego Stulecia, ludzkość bardzo się rozwinęła i skolonizowała wiele nieznanych nam dotąd światów. Niestety, rozbieżność interesów pomiędzy poszczególnymi cywilizacjami zaczęła stopniowo wymykać się spod kontroli i aby zażegnać istniejące już spory, a także aby zapobiec kolejnym, stworzono Unię Galaktyczną (GU), a w jej ramach w roku 167 Galaktyczną Organizację Handlu i Taryf Celnych (GOTT). W jej ramach działają specjalnie wyszkolone jednostki zwane "Encunter of Shadow Work" w skrócie ES, będące specjalistami od brudnej roboty.
Enclair i Lumiere są dwiema członkiniami grupy ES, które wykonują zadania dla Dyrektor GOTT. Pewnego dnia odkrywają, że jednak nie wszystko jest takie jakim być powinno. Eclair i Lumiere postanawiają odkryć skrywaną dotąd prawdę o GOTT, GU, swoich kolegach i o samych sobie...
W odległej przyszłości totalitarny rząd bezlitośnie tępi wszystkich, którzy próbują mu się przeciwstawiać. Jedną z takich osób jest Tetsuro Hoshino, na którym po licznych torturach ma być wykonana kara śmierci. Na szczęście na ratunek przybywa mu Maetel i Ekspres Galaktyczny 999. Jest to jednak dopiero początek ich walki.
Tuż po wojnie secesyjnej Victor Barbicane, odkrywa nowe źródło energii, któremu nadaje nazwę Power X. Chcąc udowodnić potęgę swego wynalazku Victor postanawia zbudować rakietę i wysłać ją na księżyc. W wyprawie towarzyszą mu asystent Ben Sharpe, odwieczny rywal Stuyvesant Nicholl i jego córka Virginia.
Doktor Yamanaka i jego dzieci trafiają do kosmicznej bazy organizacji, która zaczyna wysyłać rakiety w kierunku Ziemi, by spełniono jej żądania. Gdy Kaoru, Ryôichi i Asami próbują przeszkodzić złoczyńcom, na miejscu pojawia się Super Giant.
Podczas kopania fundamentów odnaleziona zostaje czaszka nieznanego humanoida. Przybyła na miejsce ekipa archeologów znajduje więcej kości, ale i nieznany, metalowy obiekt. W trakcie kopania okazuje się on statkiem kosmicznym. W wyniku ingerencji ludzi statek aktywuje się, wyzwalając w ludziach zaprogramowane przez obcych działania.
W trakcie lotu do kosmicznego szpitala rodzina Carverów odnajduje uszkodzony statek, z którego nadawany jest sygnał S.O.S. Foster chcąc pomóc ocalałym i sprawdzić co tam się stało, wchodzi na jego pokład i odnajduje rannego Adama. Zabrawszy go na swój statek Foster wraca na wrak by poszukać innych. Tymczasem Adam okazuje się eksperymentalnym androidem, pozbawionym zasad moralnych, który zrobi wszystko by zdobyć Katrinę.
W przyszłości, do Ziemi zaczyna zbliżać się olbrzymia asteroida, której kolizyjny kurs ulega nagłej zmianie i staje się ona satelitą naszej planety. Nagła zmiana zaskakuje wszystkich, poza profesorem Bensonem, który twierdzi, że obiekt jest siedliskiem obcych. Wkrótce jego teorie okazują się prawdziwe a ludzkość staje w obliczu wojny z przybyszami z odległej galaktyki.
W systemie słonecznym pojawia się podobna do Ziemi planeta. Od tej chwili rozpoczyna się wyścig, który z krajów wyśle tam pierwszą, załogową ekspedycję. Udaje się to oczywiście Amerykanom, którzy po latach przygotowań wysyłają tam czwórkę naukowców. Ci odkrywają, że planeta jest zdatna do życia, ale zamieszkują ją prehistoryczne stworzenia.
Harry Trent wykrada wahadłowiec i ucieka nim w przestrzeń kosmiczną. Będąc na orbicie widzi jak Ziemia zostaje zaatakowana i podbita przez obcych. Pięć lat później Trent wraca na zniszczoną Ziemię, by zmierzyć się z mutantami, potworami i zdziczałymi ludźmi, a w końcu z pomocą przyjaciół zniszczyć najeźdźców.