Cień komendanta opowiada historię Hansa Jürgena Hössa, 87-letniego syna Rudolfa Hössa, który po raz pierwszy musi stawić czoła straszliwemu dziedzictwu ojca. Jego ojciec był komendantem obozu w Auschwitz i zaplanował morderstwo ponad miliona Żydów. Dokument koncentruje się na dwóch historiach: jednej o ocalałej z Auschwitz Anicie Lasker-Wallfisch, a drugiej o Hössie wspominającym własne dzieciństwo w rodzinnej willi w Auschwitz. Spotykają się 80 lat później, co oznacza, że po raz pierwszy potomek głównego zbrodniarza wojennego spotyka ocalałego w tak prywatnym i intymnym miejscu, jak londyński salon Anity. Razem ze swoimi dziećmi, Kaiem Hössem i Mayą Lasker-Wallfisch, czwórka bohaterów bada swoje bardzo różne dziedziczne obciążenia.
Aktor Juan Debré spędził całe życie, grając bohatera w serialu telewizyjnym, jednocześnie pozostając oderwanym od własnej tożsamości. Po zdiagnozowaniu u niego śmiertelnej choroby wyrusza w surrealistyczną podróż do Belgii, miejsca narodzin swojego idola komiksowego z dzieciństwa, w poszukiwaniu sensu i być może odkupienia.
William Garnett (Forest Whitaker), były członek gangu w Nowym Meksyku, spędził 18 lat w więzieniu za morderstwo. Z pomocą Emily Smith (Brenda Blethyn), kuratorki odpowiedzialnej za jego powrót do społeczności, próbuje się zrehabilitować i wznowić normalne życie. Ale Garnettowi nie dane jest zapomnieć o przeszłości. Sherif Agati Bill (Harvey Keitel) chce mu słono zapłacić za śmierć jego zastępcy.
Leonardo da Vinci nie potrafił zaspokoić swojej ogromnej ciekawości i był przy tym uparty. Opuszcza Włochy, aby zamieszkać na francuskim dworze, gdzie może swobodnie eksperymentować wymyślając maszyny latające, niesamowite pojazdy oraz badając ludzkie ciało. To właśnie we Francji, wspólnie z żądną przygód i zuchwałą księżniczką Marguerite, Leonardo znajdzie odpowiedź na najważniejsze pytanie: „Jaki jest sens tego wszystkiego”?
Czternastoletnia Ava zmaga się ze skomplikowaną relacją między rozwiedzionymi rodzicami. Jej matka, niegdyś odnosząca sukcesy DJ techno, pragnie ożywić swoją karierę i jest zdeterminowana, by powrócić na scenę międzynarodową. Ojciec Avy wycofał się z intensywnego życia nocnego i wiedzie teraz spokojniejsze życie. W miarę jak Ava coraz bardziej angażuje się w tętniące życiem towarzyskie życie matki, wikła się w nadzieje i marzenia rodziców.