Kontynuacja filmu ''Genesis II''. Dylan Hunt po przebudzeniu z hibernacji trafia do postapokaliptycznego świata roku 2133. Dołączywszy do wspólnoty zwanej Pax musi udać się na tereny kontrolowane przez grupę kobiet traktujących mężczyzn jak swoich niewolników, by uwolnić z ich rąk jednego z ostatnich lekarzy.
Czterech astronautów wracając z pierwszej ekspedycji na Marsa, wpada w dziwną anomalię, która przenosi ich w przyszłość. Po wylądowaniu okazuje się, że Ziemia zamieszkiwana jest przez hordy mutantów, a inteligentne resztki ludzkości ukrywają się w podziemnym kompleksie.
Szalony naukowiec Nolter wraz ze swoim zdeformowanym pomocnikiem, eksperymentuje tworząc zwierzęco-roślinne hybrydy. Gdy eksperymenty na zwierzętach przestają mu wystarczać, zaczyna porywać swoich studentów tworząc przerażające mutanty.
Magneto po uwolnieniu przez White Queen z wojskowego konwoju, planuje zagładę ludzkości. W tym celu atakuje szkołę Xaviera i zdobywa Cerebro - urządzenie który wzmacnia moce mutantów. Przy jego pomocy chce zmienić kurs zbliżającej się komety tak by zderzyła się z Ziemią.
Wyrzucone do morza beczki z radioaktywnymi odpadami, powodują mutację i powstanie olbrzymich morskich potworów. By przeżyć stwory potrzebują ludzkiej krwi, którą zaczynają zdobywać, atakując przebywających w pobliżu morza ludzi.
Lorena Christmas wyławia małego Ośmiorekina, którego trenuje odtąd w aquaparku. W tym samym czasie naukowiec Rico Symes tworzy hybrydę zwaną Pterakuda mającą stać się nową bronią dla armii. Gdy w trakcie testu stwór wymyka się spod kontroli, Symes postanawia wykorzystać Ośmiorekina do walki z nim.
Pięcioro badaczy zjawisk paranormalnych udaje się do kompleksu bunkrów, by sprawdzić czy jest on nawiedzony. Przeczesując podziemne korytarze wpadają w pułapkę żyjących tam mutantów będących efektem nazistowskich eksperymentów.
Kilka miesięcy po wydarzeniach z poprzedniej części, żona Rogera rodzi mu bliźniaków obdarzonych niezwykłymi umiejętnościami. Zaraz po narodzinach Dick zostaje porwany i od tej pory wychowywany na zimnokrwistego mordercę. Tymczasem Adlai pod okiem ojca wyrasta na typowego nastolatka. Po latach drogi braci krzyżują się, tylko czy Dick stanie po stronie dobra?
Z tajnego laboratorium, należącego do Jasona Draka uciekają zmutowany krokodyl oraz aligator. Chcąc zatuszować całą sprawę, milioner wysyła tam oddział najemników, a gdy ci giną posyła słynnego myśliwego Charliego Swansona. Tymczasem gady zabijają kolejnych ludzi i wszystko wychodzi na jaw.
Czterech przyjaciół wybiera się na lot balonem, który niesiony wiatrem rozbija się na nieznanej wyspie. Jak się wkrótce okazuje jest ona zamieszkała przez plemię amazonek i żoną niesławnego doktora Frankensteina. Uwikłani w przerażające eksperymenty muszą stawić czoła potworowi i mutantom.