Kolejna odsłona filmu o superagencie, który w wyniku wypadku stracił pamięć. Bohater powoli zaczyna układać sobie normalne życie u boku Marie. Gdy dochodzi do zabójstwa chińskiego polityka okazuje się, że morderca wykorzystuje tożsamość Jasona Bourne'a, podszywając się pod niego. Bourne wraz z ukochaną postanawiają ukryć się, jednak Marie ginie. Były agent chce zdemaskować spisek, za którym stoi organizacja Treadstone.
W czwartej części Mission: Impossible o podtytule "Ghost Protocol" służba specjalna rządu Stanów Zjednoczonych - IMF (Impossible Mission Force) zostaje zlikwidowana, po tym jak wiążę się ją z podłożeniem bomby na Kremlu, w następstwie zdarzeń Ethan Hunt (Tom Cruise) wraz ze swoją nową ekipą wyrusza na kolejną misję, aby oczyścić dobre imię swojej organizacji.
Etan Hunt musi stawić czoła najbardziej zatwardziałemu przestępcy, z jakim kiedykolwiek przyszło mu się zmierzyć - Owenowi Davianowi, handlarzowi najnowszych technologicznie rodzajów broni i pozbawionemu wyrzutów sumienia dostawcy poufnych informacji.
W Nigerii po zabójstwie prezydenta i jego rodziny dochodzi do wojny domowej. Pułkownik Walters (Willis) oraz jego grupa specjalna Navy Seal mają za zadanie uratować amerykańską lekarkę dr Lenę Kendricks (Bellucci). Piękna pani doktor pracuje w jednej z misji w Nigerii. Gdy ekipa dociera do miejsca pobytu lekarki, okazuje się, że zgadza się ona na ewakuację tylko wtedy, gdy wraz z nią zostaną uratowani uchodźcy. Niestety wszyscy dostają się pod krzyżowy ogień rebeliantów i powrót do domu okazuje się wręcz niemożliwy. Walters i jego żołnierze zostają postawieni przed dylematem: wypełnić rozkaz ignorując otaczający ich konflikt czy chronić grupę niewinnych uchodźców.
Po spektakularnej ucieczce Jasona Bourna, na jaw wychodzą akta tajnych operacji Treadstone i Black Briar. Rządowi agenci nie chcąc by odkryto również inne projekty, postanawiają zakończyć operację Outcome, a uczestniczących w niej ludzi zlikwidować. Uciec agencji udaje się jedynie Aaronowi Crossowi i doktor Marcie Shearing. Tropieni przez bezwzględnych morderców, muszą udać się do jednej z placówek Outcomu, zanim Aaronowi skończą się tabletki utrzymujące go przy życiu.
Zdesperowana, pogrążona w alkoholizmie i bliska samobójstwa Aileen Wuornos spotyka w barze na Florydzie Selby Wall, wysłaną przez rodziców do ciotki, aby „wyleczyła się z homoseksualizmu”. Aileen, ofiara tragicznego, pełnego przemocy i upokorzeń dzieciństwa, od 13 roku życia zmuszana do uprawiania prostytucji, natychmiast zakochuje się w Selby i kurczowo jej trzyma, niczym koła ratunkowego. Za wszelką cenę stara się utrzymać swój związek z Selby, a nie umiejąc znaleźć legalnej pracy, wciąż utrzymuje się z prostytucji. Gdy jeden z klientów staje się brutalny, Aileen zabija go w obronie własnej, zapoczątkowując tym samym tragiczną serię zabójstw.
Kiedy agentka programu ochrony świadków odkrywa, że jej przełożeni są w zmowie i chcą ujawnić, że chroniony przez nią szef gangu jest informatorem, oboje uciekają, by przeżyć i odkryć prawdę o możliwym spisku.