W drugiej połowie XXI wieku naukowcy wybudzają z hibernacji dwie osoby z ubiegłego stulecia. Jednym z nich jest Marek, syn inżyniera Torlewskiego, który cierpiał na nieuleczalną chorobę, a drugim dyktator i zbrodniarz wojenny Muanta Portale y Gracia. Marek próbuje przyzwyczaić się do nowego życia, ale Muanta za wszelką cenę chce uwolnić się od swojego komputerowego strażnika i dokończyć przerwany przed laty plan
Roger Smith angażuje się w sprawy swoich klientów. Często zaczyna się od zwykłych negocjacji, a zwykle kończy na ratowaniu miasta Paradigm City przed przestępczością i niebezpieczeństwem. U jego boku zawsze stoją: podobny do człowieka android Dorothy, wszechstronnie utalentowany kamerdyner Norman, oraz ogromna maszyna Big O. Wkrótce mężczyzna odkrywa prawdę o katastrofie sprzed 40 lat.
W przyszłości powierzchnia Ziemi, została zanieczyszczona do tego stopnia, że nieliczni ocaleli zostali zmuszeni, do zamieszkania w mieście ponad chmurami. Nie jest to bynajmniej utopia, gdyż rządzące nim maszyny i korporacje zmuszają większość ludzi do nędznej egzystencji. Wszytko zmienia się, gdy doktor Kisaragi tworzy androida mogącego uzdrowić planetę. Nim to jednak nastąpi Cutie Honey będzie musiała zmierzyć się z bezwzględnymi maszynami.
Dzięki ujarzmieniu energii atomowej możliwe stają się loty kosmiczne. Po latach badań i eksperymentów wszystko zostaje dopracowane, a do poprawienia pozostaje tylko czynnik ludzki. Nie chcąc narażać ludzi prof. Arnold Nordstrom tworzy robota, którego zamierza wysłać w przestrzeń kosmiczną. Do prac nad Toborem profesor zatrudnia Ralpha Harrisona, z którym opracowuje sterownie telepatyczne. Tymczasem grupka szpiegów postanawia zdobyć plany maszyny.
Zawierająca eksperymentalne nanoboty sonda, rozbija się na terenie ZOO, a mikroskopijne maszyny przenikają do ciała krokodyla. Przeistaczające się w maszynę zwierzę wymyka się spod kontroli i sieje spustoszenie w okolicy.
Postapokaliptyczna wizja przyszłości, w której świat uległ skażeniu a garstka ocalałych schroniła się w podziemnym kompleksie. Para zakochanych nastolatków, mając już dość tego idealnego świata, wymyka się z kompleksu szukając miejsca, gdzie mogli by być razem. Na polecenie ich rodzin wyruszają za nimi łowcy, dowodzeni przez bezwzględnego Thora.
Po wydarzeniach z Bubblegum Crisis grupa najemniczek zwana Knight Saber została rozwiązana. Gdy miastu ponownie zaczyna zagrażać niebezpieczeństwo, Sylia, Priss, Nene i Linna ponownie przywdziewają pancerze wspomagania, by stanąć do walki. Tym razem przyjdzie im zmierzyć się z najemnikami w wojskowych pancerzach, eksperymentalnymi robotami i dawnym wrogiem, mogącym kontrolować roboty.
Rodzina Hardingów przeprowadza się do miasteczka Stepford, by zaznać w końcu spokojnego życia. Sielanka nie trwa jednak długo gdyż okazuje się, że rządzący miasteczkiem mężczyźni zmienili swoje żony w roboty i robią to samo z niepokornymi dziećmi.
W trakcie lotu do kosmicznego szpitala rodzina Carverów odnajduje uszkodzony statek, z którego nadawany jest sygnał S.O.S. Foster chcąc pomóc ocalałym i sprawdzić co tam się stało, wchodzi na jego pokład i odnajduje rannego Adama. Zabrawszy go na swój statek Foster wraca na wrak by poszukać innych. Tymczasem Adam okazuje się eksperymentalnym androidem, pozbawionym zasad moralnych, który zrobi wszystko by zdobyć Katrinę.
Na odległej planecie trwa odwieczna wojna o dominację pomiędzy trzema rodzajami klonów. Podczas jednej z potyczek Khara, Skellig i Wydd, każde z innego plemienia, łączą siły podczas wspólnej wyprawy, która zmieni losy planety.