Dan Kouzo i jego przyjaciele łączą siły z tajemniczymi stworzeniami znanymi jako bakugany, by walczyć ze złowrogimi siłami, które chcą przejąć kontrolę nad światem.
Tytułowa mysz jest świetnym tajnym agentem. Wraz ze swoim gapowatym pomocnikiem chomikiem Penfoldem, wykonują rozkazy szefa płk K. Dangera. Z zapałem stara się wykonać każde powierzone jej zadanie, a zbirów z którymi walczy, wsadzić za kratki. Najwięksi wrogowie myszy to baron Silas Greenback i jego sługa, Stilleto.
Jest to film na podstawie książki Jean Webster opowiadający historię młodej i utalentowanej dziewczyny wychowanej w sierocińcu. Judy Abbott dzięki pomocy tajemniczego mężczyzny, zwanego przez nią Długonogim Tatą, ma szansę kształcić się w jednej z najlepszych amerykańskich szkół dla dziewcząt. Dzięki swojemu opiekunowi i przyjaźni jakie nawiązała odkrywa zupełnie nowy świat, jednak nigdy nie przestaje wstydzić się swojego dzieciństwa spędzonego w sierocińcu.
Martin Tajemniczy to ksywka i jednocześnie imię nadane przez tajemniczą korporację, w której potajemnie pracuje. Nikt, oprócz przyrodniej siostry i kucharza-jaskiniowca nie wie o jego sekrecie. Bowiem wszyscy jego znajomi znają Martina jako nierozgarniętego ucznia, a wybrani: jako najlepszego agenta do spraw ponadnaturalnych. Jego zadaniem jest tropienie oraz schwytanie wszystkich potworów jakie tylko pojawią się na Ziemi...
Nieumarłe upiory opanowują świat, zmuszając ocalałych do ukrycia się w ufortyfikowanych stacjach, połączonych linią kolejową. Gdy do stacji Aragane wdzierają się potwory, garstka mieszkańców ucieka do pociągu, próbując dotrzeć w bezpieczne miejsce. Wśród nich znajduje się para półdemonów, Ikoma i Mumei. Początkowo nieakceptowani z czasem stają się częścią społeczności, której zagrażają nie tylko upiory, ale i żądny zemsty szlachcic.