Tajemniczy mężczyzna – znany dotąd jedynie jako sprzedawca medykamentów – wędruje po Edo (w dawnej Japonii), próbując wypędzić złe duchy, zgłębiając i pojmując ich Formę, Prawdę i Rozum.
Serial opowiada o przygodach Brendy i jej przyjaciela pana Whiskersa, którzy przez przypadek lądują w dżungli, gdzie razem zamieszkują i poznają nowych przyjaciół. Brenda za wszelką cenę chce wrócić do domu.
Dziesięcioletni Ben Tennyson odkrywa tajemniczy kosmiczny zegarek - Omnitrix - dzięki któremu zyskuje moc przemieniania się w dziesięciu niesamowitych kosmitów.
Nastoletnia Yuri trafia do zlokalizowanego na dachach drapaczy chmur dziwnego świata, w którym musi walczyć z zamaskowanymi napastnikami polującymi na swoje ofiary.
Podczas przeczesywania ruin królestwa Muta Żółwie spotkały ducha światła o imieniu Crys-Mu, który daje im możliwość dokonania Super Mutacji. W tym samym czasie Shredder i Krang odnajdują Mroczny Kamień Muta i próbując obudzić Mroczną Mu. W drugim odcinku Żółwie wraz z April i Splinterem wyruszają w podróż do Japonii, aby pomóc Kinzou Hattori w pozbyciu się ducha nawiedzającego Dom Hattori. W tym samym czasie Shredder, Bebop i Rocksteady teleportują się do Japonii, aby ukraść Tablicę Siedmiu Żywiołów i zyskać moce Bestii Strażników.